Европейская болотная черепаха выглядит как рептилия средних размеров (10-35 см) с коричнево-желтым, бурым, серым или темно-зеленоватым овальным панцирем. На панцире имеются щитки в форме шестиугольников, похожие на пчелиные соты. Панцирь не сильно выпуклый вверх, соединяется с брюшным щитком эластичной связкой. На лапах черепахи присутствуют длинные когти, между пальцами – перепонки для плавания. Хвост достаточно длинный, в длину больше половины панциря.
Голова у болотной черепахи закругленная, челюсть округлая тоже, без заостренного «носика».
Кожа у черепах темно-буро-зеленая, однако голова шея и лапки испещрены желтыми пятнами. Нижний щиток панциря у самцов незначительно вогнут, а у самок – ровный. Кожа «морщинистая», в складках, а на лапках кожа отдаленно напоминает чешуйки. Глаза круглые, чуть «выпуклые», «выпирающие» над головой.