Бородатая агама чернеет, как правило, не полностью – у нее чернеют борода и область шеи, иногда чернеют очень сильно и быстро, не просто «слегка потемнели». Это нормально, данное явление имеет несколько причин.
Борода чернеет у самцов агамы во время гона (периода спаривания, периода заигрывания с самкой). Это форма полового поведения самца. Также горло, бывает, чернеет во время полового созревания.
Кроме того, кратковременно почернеть борода и горло у агамы могут за некоторое время до того, как она опустошит кишечник (то есть перед испражнением).
Агамы могут темнеть во время драк с сородичами, это эффект устрашения врага.